Lista zawiera wykaz obecnie istniejących kościołów rzymskokatolickich, znajdujących się na terenie miasta Krakowa oraz kościołów, które w przeszłości były rzymskokatolickie, a dziś znajdują się pod opieką innych wyznań.

1. Kościół św. Agnieszki garnizonowy - ul. Dietla 30
2. Kościół św. Andrzeja - klaryski ul. Grodzka 54
3. Kościół bł. Anieli Salawy - misjonarze ul. Kijowska 29
4. Kościół św. Anny kolegiata - ul. św. Anny 11
5. Kościół św. Antoniego Padewskiego - - ul. Pod Strzechą 16
6. Kościół św. Augustyna i św. Jana Chrzciciela - norbertanki ul. Kościuszki 88
7. Kościół św. Barbary - jezuici Mały Rynek 8
8. Kościół św. Bartłomieja - cystersi ul. Klasztorna 11 (Mogiła)
9. Kościół św. Bartłomieja - - ul. Komandosów 25
10. Kościół św. Benedykta - - Wzgórze Lasoty
11. Kościół św. Bernardyna - bernardyni ul. Bernardyńska 2
12. Kościół Boskiego Zbawiciela - salwatorianie ul. św. Jacka 16
13. Kościół Bożego Ciała - kanonicy laterańscy ul. Bożego Ciała 26
14. Sanktuarium Bożego Miłosierdzia - - ul. Siostry Faustyny 3
15. Sanktuarium Bożego Miłosierdzia (kaplica św. Józefa) - Siostry Matki Bożej Miłosierdzia ul. Siostry Faustyny 3
16. Kościół Bożego Miłosierdzia - - ul. Miłosierdzia Bożego 1
17. Kościół św. Brata Alberta - - os. Dywizjonu 303 nr 14
18. Kościół św. Brata Alberta - albertynki ul. Woronicza 10
19. Kaplica bł. Bronisławy - - przy kopcu Kościuszki
20. Kościół Chrystusa Króla - jezuici ul. Zaskale 1
21. Kaplica Chrystusa Króla - - Cmentarz Batowicki
22. Kościół Chrystusa Odkupiciela Człowieka - - ul. Gen. Kiwerskiego 2
23. Kościół św. Floriana bazylika mniejsza (od 1999) - ul. Warszawska 1b
24. Kościół św. Franciszka z Asyżu bazylika mniejsza (od 1920) franciszkanie pl. Wszystkich Świętych 5
25. Kościół św. Franciszka Salezego - wizytki ul. Krowoderska 16
26. Kościół św. Grzegorza Wielkiego - - ul. Jeziorko 40
27. Kościół św. Idziego - dominikanie ul. Grodzka 67
28. Kościół św. Jadwigi Królowej - - ul. Zagaje 42 (Osiedle Kliny)
29. Kościół św. Jadwigi Królowej - - ul. Łokietka 60
30. Kościół św. Jana Chrzciciela - - ul. Dobrego Pasterza 116
31. Kościół św. Jana Chrzciciela - - ul. Wańkowicza 35
32. Kościół św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty - prezentki ul. św. Jana 7
33. Kościół św. Jana Kantego - - ul. Jabłonkowska 18
34. Kościół św. Józefa - - ul. Zamojskiego 2
35. Kościół św. Józefa - bernardynki ul. Poselska 21
36. Kościół św. Józefa - - os. Kalinowe 5
37. Kościół św. Judy Tadeusza - - ul. Wężyka 6
38. Kościół św. Karola Boromeusza - - ul. Zdrowa
39. Kościół św. Katarzyny Aleksandryjskiej i św. Małgorzaty - augustianie ul. Augustiańska 7
40. Kościół św. Kazimierza Królewicza - reformaci ul. Reformacka 4
41. Kościół św. Kazimierza - - ul. Podgórki Tynieckie 96
42. Kościół św. Kazimierza - - ul. Bobrowskiego 6
43. Kościół św. Krzyża - - ul. św. Krzyża 23
44. Kościół św. Maksymiliana Marii Kolbego - - os. Tysiąclecia 86
45. Kaplica Małgorzaty i św. Judyty - - ul. Bronisławy 8
46. Kościół św. Marcina - Kościół Ewangelicko-Augsburski ul. Grodzka 58
47. Kościół św. Marii Magdaleny - - ul. Niebieska 56
48. Kościół św. Marka - - ul. św. Marka 10
49. Kościół Matki Boskiej Częstochowskiej - cystersi os. Szklane Domy 7
50. Kościół Matki Boskiej Częstochowskiej - kapucyni ul. Korzeniaka 16
51. Kościół Matki Boskiej Częstochowskiej - - ul. Biwakowa
52. Kościół Matki Boskiej Dobrej Rady - - ul. Prosta 1
53. Kościół Matki Boskiej Fatimskiej - - ul. Komandosów 18
54. Kościół Matki Bożej Królowej Polski - - ul. Kobierzyńska 199
55. Kościół Matki Bożej Królowej Polski (Arka Pana) - - ul. Obrońców Krzyża 1
56. Kościół Matki Boskiej Nieustającej Pomocy - - ul. Hemara 1
57. Kościół Matki Boskiej Nieustającej Pomocy - redemptoryści ul. Zamojskiego 56
58. Kościół Matki Boskiej Nieustającej Pomocy - - ul. Ks. J. Poniatowskiego 176
59. Kościół Matki Boskiej Nieustającej Pomocy - - os. Bohaterów Września 33
60. Kościół Matki Boskiej Ostrobramskiej - pijarzy ul. Meissnera 20
61. Kościół Matki Boskiej Różańcowej - ul. Skotnicka 139a
62. Kościół Matki Boskiej Różańcowej - ul. Nowosądecka 41
63. Kościół Matki Boskiej Śnieżnej - Dominikanki ul. Mikołajska 21
64. Kościół Matki Boskiej Wniebowziętej i św. Wacława bazylika mniejsza (od 1970) cystersi ul. Klasztorna 11
65. Kościół Matki Boskiej Zwycięskiej - - ul. Zakopiańska 86
66. Kościół św. Michała Archanioła i św. Stanisława Biskupa (na Skałce) - Paulini ul. Skałeczna 15
67. Kościół św. Mikołaja - ul. Kopernika 9
68. Kościół Miłosierdzia Bożego - ul. Kuczaba 5
69. Kościół Miłosierdzia Bożego - pl. E. Raczyńskiego 1
70. Kościół Miłosierdzia Bożego - os. Wzg. Krzesławickie 1
71. Kościół Najświętszego Imienia Maryi - pijarzy ul. Dzielskiego 1
72. Kościół Najświętszej Maryi Panny z Lourdes - misjonarze ul. Misjonarska 37
73. Kościół Najświętszej Maryi Panny Matki Kościoła - - ul. Pasteura 1
74. Kościół Najświętszej Rodziny - - ul. Aleksandry 1
75. Kościół Najświętszego Salwatora - - ul. bł. Bronisławy 9
76. Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa - - ul. Cechowa 144
77. Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa - sercanki ul. Garncarska 24/26
78. Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa - sercanie ul. Saska 2
79. Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa - szarytki ul. Warszawska 8
80. Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa - - ul. Myślenicka 13
81. Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa - - ul. Ludźmierska 2
82. Kościół Najświętszego Serca Pana Jezusa - - ul. Wzgórze 33
83. Kościół Narodzenia Najświętszej Maryi Panny - - ul. Popiełuszki 35
84. Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny (na Piasku) bazylika mniejsza (od 1997) karmelici trzewiczkowi ul. Karmelicka 19
85. Kościół Nawrócenia św. Pawła - misjonarze ul. Stradomska 4
86. Kościół Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny - karmelici bosi ul. Rakowicka 18
87. Kościół Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny (św. Łazarza) - - ul. Kopernika 19
88. Kościół Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny - reformaci ul. Chełmońskiego 41
89. Kościół Niepokalanego Serca Najświętszej Maryi Panny - felicjanki ul. Smoleńsk 6
90. Kościół Niepokalanego Serca Najświętszej Maryi Panny - - ul. Półłanki 100
91. Kościół św. Norberta - krakowska parafia grekokatolicka ul. Wiślna 11
92. Kościół Opieki św. Józefa - karmelitanki bose ul. Łobzowska 40
93. Kościół Pana Jezusa Dobrego Pasterza - - ul. Dobrego Pasterza 4
94. Kaplica Pielgrzymów z Emaus - - ul. ks. Pawlickiego 1
95. Kościół św. Piotra i Pawła - - ul. Grodzka 52
96. Kościół św. Piotra i Pawła (Tyniec) - benedyktyni ul. Benedyktyńska 37
97. Kościół Podwyższenia Krzyża Świętego - - ul. Witosa 9
98. Kościół Przemienienia Pańskiego i opieki Matki Boskiej Królowej Polski ? - kościół rektoralny ul. Pijarska 2
99. Kościół Przemienienia Pańskiego - - ul. Bogdanowskiego 14
100. Kościół Serca Jezusowego bazylika mniejsza (od 1960) jezuici ul. Kopernika 26
101. Katedra św. Stanisława i św. Wacława w Krakowie katedra, bazylika mniejsza (od XVIII w.) - Wawel
102. Kościół św. Stanisława Biskupa i Męczennika - filipini ul. Maciejkowa
103. Kościół św. Stanisława Biskupa i Męczennika - - ul. Kantorowicka 122
104. Kościół św. Stanisława Biskupa i Męczennika - - ul. Półkole 9a
105. Kościół św. Stanisława Kostki - salezjanie ul. Konfederacka 6
106. Kościół Stygmatów św. Franciszka z Asyżu - reformaci ul. Ojcowska 1
107. Kościół św. Szczepana - - ul. Sienkiewicza 19
108. Kościół św. Teresy od Jezusa i św. Jana od Krzyża - karmelitanki bose ul. Kopernika 44
109. Kościół św. Tomasza Apostoła - duchaczki ul. Szpitalna 12
110. Kościół św. Trójcy - dominikanie ul. Stolarska 12
111. Kościół św. Trójcy - bonifratrzy ul. Krakowska 48
112. Kościół św. Wincentego à Paulo - misjonarze ul. Filipa 19
113. Kościół św. Wincentego i Narodzenia Najświętszej Maryi Panny - - ul. Nadbrzezie 12
114. Kościół Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny (Mariacki) bazylika mniejsza (od 1962) - pl. Mariacki 5
115. Kościół Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny - kameduli ul. Konarowa 1
116. Kościół św. Wojciecha - - Rynek Główny
117. Kościół św. Wojciecha - - ul. św. Wojciecha 4
118. Kościół Wszystkich Świętych - - ul. Podbiałowa 6
119. Kościół Zesłania Ducha Świętego - - ul. Rostworowskiego
120. Kościół Zmartwychwstania Pańskiego - zmartwychwstańcy ul. Łobzowska 10
121. Kościół Zmartwychwstania Pańskiego - zmartwychwstańcy ul. Szkolna 4
122. Kaplica Zmartwychwstania Pańskiego - Cmentarz Rakowicki
123. Kościół Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny - kapucyni ul. Loretańska 11

Planowana jest budowa kościoła św. Jacka przy ul. Radzikowskiego (parafia została powołana 25 grudnia 2006[2]).

Kościoły już nieistniejące
Lista obejmuje kościoły obecnie już nieistniejące bądź niepełniące swoich funkcji sakralnych.

1. Kościół "B" - Wawel
2. Kościół św. Andrzeja - Tyniec
3. Kościół św. Ducha - Duchacy Stare Miasto, plac Św. Ducha
4. Kościół św. Filipa i św. Jakuba - Kleparz, ul. św. Filipa
5. Kościół św. Gereona (Marii Egipcjanki) - Wawel
6. Kościół św. Gertrudy - ul. św. Gertrudy
7. Kościół św. Jadwigi - Bożogrobcy Stradom, ul. Stradom
8. Kościół św. Jakuba Apostoła - Kazimierz, ul. Skawińska
9. Kościół św. Jerzego - Wawel
10. Kościół św. Kazimierza - Reformaci Garbary
11. Kościół św. Krzyża - Benedyktyni Słowiańscy Kleparz, pl. Słowiański
12. Kościół św. Leonarda - Podgórze
13. Kościół św. Macieja i Mateusza - Jezuici Stare Miasto, pl. Szczepański
14. Kościół św. Marii Magdaleny - Stare Miasto, pl. Marii Magdaleny
15. Kościół św. Michała - Wawel
16. Kościół św. Michała - Karmelici Bosi Stare Miasto ul. Poselska
17. Rotunda Najświętszej Marii Panny - Wawel
18. Kościół Najświętszej Maryi Panny Królowej Polski - al. Panieńskich Skał 18
19. Kościół Najświętszej Marii Panny na Żłobku - Bernardyni Stare Miasto, ul. św. Jana
20. Kościół św. Piotra - Stare Miasto, ul. Grodzka
21. Kościół św. Piotra Małego - Jezuici Garbary, ul. Łobzowska
22. Kościół przy bastionie Władysława IV - Wawel
23. Kościół przy Baszcie Sandomierskiej - Wawel
24. Kościół przy Smoczej Jamie - Wawel
25. Kościół św. Rocha - Stare Miasto, pl. św. Ducha
26. Kościół św. Scholastyki - Benedyktynki Stare Miasto, ul. św. Krzyża
27. Kościół św. Sebastiana i Rocha - Benedyktynki Stare Miasto, ul. św. Krzyża
28. Kościół św. Szczepana - ul. św. Sebastiana
29. Kościół św. Szymona i Judy - Kleparz, ul. Warszawska
30. Kościół św. Tomasza - Stare Miasto, ul. Stolarska
31. Kościół św. Urszuli - Bonifratrzy Stare Miasto, ul. św. Jana
32. Kościół św. Walentego - Kleparz, ul. Długa
33. Kościół św. Wawrzyńca - Kazimierz, ul. św. Wawrzyńca
34. Kościół Wszystkich Świętych - Stare Miasto, pl. Wszystkich Świętych
35. Kościół św. Zofii - Kazimierz, Skałka