Agent FBI Art Jeffries jest na skraju załamania nerwowego. Obarczono go winą za niepowodzenie akcji specjalnej i relegowano do rutynowych zadań.
Żyje obecnie bez celu w świecie, któremu przestał ufać, zdradzony przez agencję rządową, której poświęcił życie.
Wszystko ulegnie zmianie, gdy zostanie mu powierzone śledztwo w sprawie zniknięcia dziewięcioletniego, autystycznego chłopca, którego rodzice zostali zamordowani w tajemniczych okolicznościach. Z pozoru rutynowa sprawa odmieni całe jego dotychczasowe życie. Podczas oględzin miejsca zbrodni - skromnego chicagowskiego domu - Jeffries znajduje ukrytego w schowku chłopca. Cierpiący na autyzm Simon jest głęboko upośledzony i nie potrafi mówić. Zgorzkniały agent FBI od pierwszej chwili intuicyjnie wyczuwa więź z chłopcem, rozumiejąc jego cierpienie i samotność. Instynkt gliniarza podpowiada mu, że życie chłopca jest w niebezpieczeństwie. Na jego żądanie przebywającego w szpitalu Simona pilnują policjanci. Gdy nieoczekiwanie ochrona zostaje "zdjęta", Jeffries postanawia sam osłaniać chłopca i ucieka z nim ze szpitala.
Napaść na Simona potwierdzi podejrzenia Jeffriesa traktowane dotąd przez jego współpracowników jako objaw paranoi. Obdarzony niezwykłą inteligencją chłopiec - cecha, która wśród osób cierpiących na autyzm nie należy do rzadkości przypadkowo przełamał ściśle tajny kod wojskowy i stał się celem ataku bezwzględnych zabójców. Kod "Merkury", którego teoretycznie nie można było złamać, wykorzystywano w tajnych operacjach wojskowych przeprowadzanych przez Stany Zjednoczone na całym świecie.
Dwaj uciekinierzy - Jeffries i Simon mają przeciwko sobie najpotężniejszą organizację rządowa Ameryki - tajemniczą Agencję Bezpieczeństwa Narodowego kierowaną przez wysokiej rangi urzędnika - podpułkownika Nicholasa Kudrowa, który nie mogąc pogodzić się z myślą, że szyfr został złamany przez 9-letnie autystyczne dziecko, użyje wszelkich dostępnych metod koniecznych do ochrony kodu, kariery i swojego nazwiska.
Pozbawieni pomocy FBI i policji, Jeffries i Simon sami muszą stawić czoła ścigającej ich potężnej organizacji.