Druga część przygód zielonowłosego Jaka i futrzanego Daxtera. W ogromnym mieście Haven City, przyjaciele kolekcjonują tony gadżetów, walczą z wieloma rodzajami nieprzyjaciół i wykonują szereg zadań, by ostatecznie zmierzyć się z okrutnym Baronem Praxisem.

Historia rozpoczyna się tuż po zakończeniu poprzedniej przygody. Czwórka starych przyjaciół (Jak, Daxter, Keira i Samos), podczas ciekawego zajęcia, jakim jest niewątpliwie majstrowanie przy starożytnej machinie, uruchomiła przez przypadek mechanizm przenoszący w czasie i przestrzeni. Dwójka pechowców, którymi okazali się oczywiście Jak i Daxter, została przerzucona do innego świata. Wylądowali w ogromnym mieście zwanym Haven City, władanym przez despotycznego Barona Praxisa. Pierwszy kontakt z jego strażnikami skończył się pojmaniem Jaka, na szczęście Daxter zdołał uniknąć schwytania. Zielonowłosy młodzieniec pozostał jednak w rękach Praxisa, który bez ogródek zaczął go poddawać najgorszym katuszom, testując na nim tajemniczą substancję zwaną Dark Eco. Wierny futrzak kombinował, jak uwolnić przyjaciela, i choć myślał przez dwa lata, w końcu dopiął swego. Oswobodzony, ale jakże zmieniony przez tortury Jak powziął tylko jedno postanowienie: pomścić własne krzywdy i usunąć Barona Praxisa.

Świat gry jest ogromny, trzykrotnie większy niż w poprzedniej części i obejmuje miasto Haven City wraz z przyległymi terenami. Metropolia tętni życiem: po ulicach chodzą mieszkańcy, w powietrzu śmigają pojazdy z napędem antygrawitacyjnym, a wkoło kręcą się siepacze Praxisa. Co ciekawe, nie jest on jedyną siłą w okolicy, wpływy w mieście mają również formacje Metalowych Głów (metal heads) oraz siły rebeliantów. Tych ostatnich należy zresztą odnaleźć jak najszybciej, bowiem tylko dzięki nim Jak i Daxter dobierą się do skóry Barona. Zanim jednak do tego dojdzie, muszą wykonać ponad 70 zadań, zlecanych głównie przez Torna - jednego z dowódców rebelii.

Od czasów pierwszego spotkania z Jakiem, jego mobilne możliwości znacznie się zwiększyły. Doszły nowe ruchy, akrobacje i uderzenia, a także możliwość przemiany w Dark Jaka (efekt eksperymentów przeprowadzanych przez Praxisa). W owym mrocznym wcieleniu z bohatera robi się mordercza machina - jest szybszy, groźniejszy w walce i lepiej wyekwipowany. Młodzieniec ponadto śmiga na antygrawitacyjnej deskorolce, rozbija się po mieście w powietrznych taksówkach i demoluje otoczenie będąc zakuty w ogromny, mechaniczny pancerz. Koniecznie trzeba wspomnieć o najważniejszym novum, mianowicie Jak może używać broni. Do wyboru są cztery rodzaje spluw: Scatter gun (razi wielu wrogów naraz, ale ma słaby zasięg i moc), Blaster gun (miotacz dalekiego zasięgu, posiada celownik laserowy), Vulcan Gun (broń strzelająca ogniem ciągłym o dużej mocy) i Peacemaker – działko do rozwalania największych obiektów.

Jak to w tego typu produkcjach bywa, do zebrania jest wiele gadżetów, jak amunicja, apteczki, kule Dark Eco (pozwalają na morfowanie się w Dark Jaka), klejnoty Practise Orbs (zebranie ich odpowiedniej ilości odblokowuje jeden z 16 bonusów np. nowe tryby zabawy, materiały z produkcji gry, szkice, artworki itp.), karty dostępu do różnych miejsc itd.