Fineasz, Ferb oraz Pepe Pan Dziobak podążają za doktorem Dundersztycem do alternatywnego wszechświata, gdzie naprawdę złe alter ego naukowca, doktor Doof, rządzi okolicą za pomocą armii robotów o żelaznych pięściach. Aby ocalić przyjaciół przed pewną zagładą, Pepe Pan Dziobak poświęca się i ujawnia swoją prawdziwą tożsamość, przyznając, że w rzeczywistości jest Agentem P. Fineasz i Ferb uciekają, spotykają samych siebie zamieszkujących drugi wymiar i rozpoczynają własną misję, żeby uratować Pepe. Tak zaczyna się epicka batalia, w której bohaterowie będą próbowali ochronić swój dom przed nikczemnym naukowcem i jego pomocnikiem Platyborgiem!