Gra akcji/FPS, w której terroryści przejmują kontrolę nad wyspą Alcatraz, grożąc wystrzeleniem rakiet w stronę San Francisco. Wcielamy się w postać weterana sił specjalnych i dążymy do pokrzyżowania ich planów.
Alcatraz: In the Harm's Way to strzelanina z akcją obserwowaną z perspektywy pierwszej osoby. Przenosimy się na pełniącą rolę więzienia i zlokalizowaną w pobliżu San Francisco tytułową wyspę Alcatraz. Właściwa gra rozpoczyna się niedługo po tym jak terrorystom udaje się przejąć kontrolę nad wyspą. Ugrupowanie grozi teraz wystrzeleniem rakiet w stronę San Francisco jeśli nie zostaną spełnione stawiane żądania.

Wcielamy się w postać weterana sił specjalnych Joe Hamsky’ego. Główny bohater do niedawna odbywał wyrok za pobicie oficera, który przyczynił się do śmierci członków jego drużyny, ale teraz otrzymuje szansę na odzyskanie wolności. Nasze zadanie polega na infiltracji wyspy celem poznania prawdziwych dążeń terrorystów oraz przeprowadzenia rekonesansu dla głównych sił uderzeniowych.

Właściwa zabawa skupia się w głównej mierze na masowej eliminacji kolejnych przeciwników, przy czym działania prowadzimy nie tylko za dnia ale i pod osłoną nocy. W tym drugim przypadku możemy liczyć na przeprowadzanie ataków z zaskoczenia, a to dlatego, że pole widzenia i czujność wrogów zostają wtedy znacząco obniżone. Do eksterminacji przeciwników wykorzystujemy bogaty arsenał, zawierający między innymi pistolety (zwykłe i maszynowe) oraz karabiny.

Alcatraz działa na silniku graficznym o nazwie Aurum, oferującym między innymi dynamiczne oświetlenie otoczenia oraz realistyczny model fizyczny środowiska gry.