Atmosferę w „The Punisher” budują przede wszystkim sugestywne, ciemne zaułki Nowego Jorku oraz okolic, pośród których przewijają się plugawi i bezwzględni przestępcy. Gracz wcielając się w rolę Franka Castle’a, twardziela z krwi i kości, któremu wymordowano rodzinę, mści się na wszystkich złych tego świata, stanowiąc tym samym ład i porządek. Do skutecznej eksterminacji wroga używa on szeregu zróżnicowanych narzędzi i broni, które w trakcie właściwej rozgrywki można, a wręcz trzeba odpowiednio modernizować i ulepszać. Ciekawostką wartą odnotowania, niespotykaną w innych tego typu produkcjach, jest możliwość użycia żywego człowieka jako tarczy ochronnej. Przykładowo, boss wrogiej ekipy z nożem na gardle rozkaże swoim podwładnym złożyć broń i skapitulować. Napotkane przedmioty typu telewizor, szafka lub też butelka mogą zostać użyte do walki wręcz – gra tym samym zyskuje na atrakcyjności. Ponadto, innowacyjny system przesłuchań pozwala inkwirować złapanych i zaaresztowanych bandziorów, od których użytkownik dowiaduje się wielu cennych, kluczowych dla przebiegu rozgrywki informacji.

Wcielamy się w postać Johna Armstronga (nazwisko przypadkowe?), młodego studenta medycyny. Nasz bohater, w chwili ogłoszenia stanu wojennego, zostaje wcielony w szeregi Gwardii Narodowej. Niestety oddział złożony z żółtodziobów szybko ulega rozbiciu przez potężnego przeciwnika. Dzielny John, wychowany pewnie na Rambo i Commando, postanawia wziąć sprawy (czytaj: wielki karabin), w swoje ręce i jako jednoosobowa armia rusza na krucjatę przeciw przybyszom z gwiazd.

Całkiem intrygująca fabuła przedstawiona jest w postaci serii etapów/scenariuszy, rozgrywających się na ulicach Wielkiego Jabłka (programiści starali się jak najwierniej oddać prawdziwy obraz miasta). Wykonując zadanie John jest zmuszony zmierzyć się z mnóstwem różnego rodzaju Obcych, poczynając od hord bezmyślnych Spawnów, a kończąc na gigantycznych rozmiarów Aspirantach. Każdy gatunek kosmitów dysponuje inną bronią i unikalnym zachowaniem, wymuszającym modyfikowanie taktyki walki w zależności od rywala. Narzędziem służącym do ekspediowania przybyszów do ufoludkowego raju, jest futurystyczny karabin. Broń możemy rozbudowywać korzystając z technologii Obcych (zbieramy potrzebne komponenty a następnie montujemy je uzyskując pożądane efekty). Oprócz kosmicznych dziwolągów na swej drodze niejednokrotnie spotykamy także sojuszników – bohaterowie niezależni pomogą nam pokonać szczególnie wymagające przeszkody