W niedalekiej przyszłości korporacje łącznościowe sięgnęły gwiazd, a elektrony i światło płyną poprzez wszechświat. A jednak postęp komputeryzacji nie zlikwidował jak dotąd podziałów narodowych i rasowych. Jest rok 2029, przyszłość, która jest jednak różna od znanej nam rzeczywistości, teraz to komputery i globalna informatyzacja żądzą światem. Najgorszym przestępstwem staje się w tej chwili włamanie do sieci. Tutaj właśnie rozgrywa się walka stróżów prawa z kryminalistami. Świat, w którym ludzie mają wbudowane w siebie cybernetyczne komponenty, a cyborgi są nie do odróżnienia od zwykłych ludzi staje się areną walki policyjnej Sekcji 9 z tajemniczym hakerem zwanym ‘Władcą Marionetek’. Dwójka agentów, on Batô, człowiek z elementami cyborga w sobie, oraz ona Major Motoko Kusanagi, doskonały cyborg o ludzkich odruchach podejmują walkę z hakerem, który zamienia ludzi w bezwolne marionetki, wykonujące jego polecenia. Walka z Władcą Marionetek powoduje, iż Batô zaczyna uważnie przyglądać się pięknej pani Major. Duch w pancerzu – to nic innego jak cybernetyczna dusza w cyber ciele. Kusanagi zaczyna się zastanawiać nad samą sobą i sensem jej istnienia. Tymczasem Władca Marionetek podejmuje kolejny atak.
