Akcja gry toczy się w fikcyjnym mieście o nazwie City 17 oraz jego okolicach,
w nieokreślonej, lecz bliskiej przyszłości. Jej bohaterem jest naukowiec, doktor Gordon Freeman.
Doktor Freeman zostaje rzucony w niebezpieczne środowisko,
w którym skutki incydentu w kompleksie badawczym Black Mesa dosięgają społeczeństwa ludzi.
Freeman chcąc przeżyć zmuszony jest do walki z narastającymi trudnościami,
zaś w potyczkach dołączają do niego rozmaici sprzymierzeńcy, w tym jego byli współpracownicy,
uciśnieni mieszkańcy miasta oraz Vortigaunty.